根据《国家重点研发计划管理暂行办法》相关规定：
科技部是国家重点研发计划的牵头组织部门，主要职责是会同相关部门和地方开展以下工作：
（一）研究制定国家重点研发计划管理制度；
（二）研究提出重大研发需求、总体任务布局及重点专项设置建议；
（三）编制重点专项实施方案，编制发布年度项目申报指南；
（四）提出承接重点专项具体项目管理工作的专业机构建议，代表联席会议与专业机构签署任务委托协议，并对其履职尽责情况进行监督检查；
（五）开展重点专项年度与中期管理、监督检查和绩效评估，提出重点专项优化调整建议；
（六）建立重点专项组织实施的协调保障机制，推动重点专项项目成果的转化应用和信息共享；
（七）组建各重点专项专家委员会，支撑重点专项的组织实施与管理工作；
（八）开展科技发展趋势的战略研究和政策研究，优化国家重点研发计划总体任务布局。
项目管理专业机构（以下简称专业机构）根据国家重点研发计划相关管理规定和任务委托协议，开展具体项目管理工作，对实现任务目标负责，主要职责是：
（一）组织编报重点专项概算；
（二）参与编制重点专项年度项目申报指南；
（三）负责项目申报受理、形式审查、评审、公示、发布立项通知、与项目牵头单位签订项目任务书等立项工作；
（四）负责项目资金拨付、年度和中期检查、验收、按程序对项目进行动态调整等管理和服务工作；
（五）加强重点专项下设项目间的统筹协调，整体推进重点专项的组织实施；
（六）按要求报告重点专项及其项目实施情况和重大事项，接受监督；
（七）负责项目验收后的后续管理工作，对项目相关资料进行归档保存，促进项目成果的转化应用和信息共享；
（八）按照公开、公平、公正和利益回避的原则，充分发挥专家作用，支撑具体项目管理工作。
国家重点研发计划重点专项具体流程如下：
1．年度指南编制
科技部：组织编制重点专项年度指南
2．年度指南征求意见
重点专项指南征求意见稿
科技部
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发布指南征求意见稿发布渠道：国科管系统
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时间：不少于15天
申请人
3.正式申报指南发布
重点专项申报通知
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申报通知
-
专项指南
-
形式审查条件
-
指南编制专家名单
科技部
-
发布正式指南
-
发布渠道：国科管系统、科技部网站
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时间：不少于50天
4.项目申报&预申报书编写
科技部
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组织形式申报队伍
-
联系项目推荐单位
-
编写预申报书
-
时间不少于50天
-
通过国科管系统提交预申报书
预审申报书（3000字）
项目参与单位名单
5.预申报受理与形式审查
专业机构
形式审查重点内容
申报人:通过国科管系统查询结果
6.首轮评审
如果申报项目数量大于拟立项数3-4倍，专业机构开展评审
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随机抽取专家
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按指南方向分组评审
-
评审形式：通讯评审、网络评审或会议评审
专业机构反馈评审结果
如果申报项目数量不大于拟立项数3-4倍，申报项目直接进入视频答辩。
申报人:通过国科管系统查询结果
7•编写正式申报书
专业机构
申请人
-
编写正式申报书（含预算申报书）
-
编制预算申报书
-
时间一般不少于30天
-
通过国科管系统
8.正式申报受理与形式审查
专业机构
形式审查重点内容
-
机构人员查重
-
内容关联性
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承诺的配套条件
-
联合申报协议
申报人:通过国科管系统查询结果
9.答辩评审
专业机构
-
发布评审通知
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公布评审专家名单（评审前一天)
-
发布渠道：国科管系统
-
组织评审
申请人
10.预算评估
评估机构
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受专业机构委托对拟立项项目开展预算评估
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遴选评审专家，初评
-
申报答辩
申请人
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通过国科管系统查询预算初评意见
-
补充材料或有针对性的解释或说明
11.预算与项目安排方案审核
专业机构
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项目安排方案和预算安排分别报送科技部和财政部
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科技部提出审核意见
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财政部审核下达预算到专业机构
12.项目立项公示
专业机构
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根据审核意见和预算安排，确定立项清单和经费
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在国科管系统对拟立项项目公示（不少于5天）
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申诉调查处理
-
发布立项通知
申请人：通过国科管系统查询
13.任务书/预算书签订
专业机构
申请人
通过国科管系统提交