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常用的文献管理软件大概首推NoteExpress了，但是除了 NoteExpress还有很多文献管理软件，有的是公开源代码，有的是免费。国产的也有几个文献管理软件。
NoteExpress
NoteExpress是一个国产文献管理软件，据说对中文文献和中文数据库的支持比EndNote好。在国内也有不少用户，不过这个软件是商业软件，学生版198，永久版需要 698 元。
但是有这钱我就用Zotero，因此对NoteExpress 一直不感冒。网上也有破解版的，但是也没有尝试过。顺便说一句，尽量不要使用破解版的软件。
NoteExpress 相关资源
NoteExpress官网
http://www.inoteexpress.com/
NoteExpress购买
http://www.inoteexpress.com/CompanyWeb/cartstart.do
Endnote
EndNote的功能强大自不必说。强大到何种程度，几乎没有它不能解决的问题，即使某些变态的极其复杂的引文和输出格式，也能轻松应对。
除此之外，EndNote的强大之处还在于其自定义特性，通过自定义EndNote的输出格式，滤件和连接论文件。
但是EndNote也有很多不足，比如分组只支持二级目录，EndNote也不支持标签。相比之下的Zotero这方面就强大的多，可以支持多级分类目录，还可以为文献打标签。
其实这也都不是事儿，最主要的是EndNote是商业软件，对于普通个人用户，太贵了。不过EndNote厚道之处在于没有验证机制，只要有授权文件就能用，而且网上的授权文件一找就能找到。最著名的应该是同济大学的授权文件了，真是造福了不少穷学生。
顺便说一句，以前的Reference Manager和ProCite这两个文献管理软件现在也被EndNote收购了。
EndNote 相关资源
EndNote 官网
http://www.endnote.com/
Output Styles 下载
http://endnote.com/downloads/dla/styles.zip
Import filters 下载
http://endnote.com/downloads/dla/filters.zip
Connection files 下载
http://endnote.com/downloads/dla/connections.zip
Writing templates 下载
http://endnote.com/downloads/dla/templates.zip
EndNote 中文帮助https://www.howsci.com/endnote/
Mendeley
Mendeley功能非常强大，总起来说Mendeley有以下特点。
免费，这个比较重要。
支持多平台。迄今Mendeley有网页版，Windows版，Mac版，Linux版，甚至还有iPhone，iPad，iPod版。
支持Microsoft Word, LibreOffice, and LaTeX等软件。
支持PDF标记。可以直接在PDF文档中做相应的标记和注释，这样文章重点部分就可以重点突出了，下次再看时就知道重点和难点了。
支持从其它参考文献管理软件导入文献，现在支持EndNote, Papers 和 Zotero。
可以组织管理文献，通过文件夹的形式把文献分类，管理起来文献简单明了。
可以和同事们分享文献，甚至注释和标记也可以分享。这样大家协作起来更方便。
支持网络备份，而且多个平台之间支持同步。
支持PDF文件导入并自动提取文章信息，支持自动导入特定文件夹内的文献。
强大的搜索功能，可以搜索PDF全文。
强大的社区功能。这才是Mendeley的精髓所在。现在新兴的文献评价标准Altmetric参考因素之一就包括Mendeley的社区功能，如利用Plum Metrics评价系统了解论文的关注度分享情况。
ResearchGate科研人员自己的FaceBook其中一项指标也包括Mendeley的社区。
Mendeley 相关资源
Mendeley 官网
https://www.mendeley.com/dashboard/
Mendeley for Windows
https://www.mendeley.com/download-mendeley-desktop/windows/instructions/
Mendeley for Mac OS X 10.6+
https://www.mendeley.com/download-mendeley-desktop/mac/instructions/
Mendeley Desktop for Linux
https://www.mendeley.com/download-mendeley-desktop/linux/
Mendeley for iPhone, iPod Touch and iPad
https://itunes.apple.com/gb/app/mendeley-reference-manager/id380669300
Zotero
Zotero是一个开放源代码的文献管理软件。Zotero特色之处是可以作为浏览器插件进行使用。本地的Zotero的文献数据库还可以免费上传到Zotero的网络服务器上，并且不受空间大小限制。但是本地的Zotero的附件，在网络服务器上有大小限制，Zotero的网络服务器仅为每用户提供300M免费存储容量。
Zotero和EndNote也曾干过仗，2008年， 汤森路透起诉 Zotero 侵犯了EndNote的最终用户许可协议 （EULA），逆向工程了EndNote，提供了Zotero把EndNote私有的 .ens风格转换为Citation Style Language风格。
Zotero相比于EndNote，免费不用说，最大的特色是无限级的目录分类，一个目录下可以分为多个子目录。这样管理起来文献就方便多了，而EndNote只支持二级目录。
Zotero还支持文献的标签功能。为每个文献自动打上标签，当然用户也可以自定义标签，这又增加了文献管理功能。
不过Zotero的插入引文和参考文献相比于EndNote来就弱了许多，支持的输出格式也相对有效，只是支持几个大类的输出格式，并没有具体的杂志格式。可能我的理解有错误，但是至少现在我还没找到修改或者添加引文格式的方法。
Zotero 相关资源
Zotero官网
https://www.zotero.org
Zotero for Windows
https://download.zotero.org/standalone/4.0.28/Zotero-4.0.28_setup.exe
Zotero for Chrome
https://chrome.google.com/webstore/detail/ekhagklcjbdpajgpjgmbionohlpdbjgc
Zotero for Firefox
https://download.zotero.org/extension/zotero-4.0.28.3.xpi
Zotero for Safari
https://download.zotero.org/connector/safari/Zotero_Connector-4.0.21-1.safariextz
JabRef
JabRef是一个开放源代码、处理BibTeX格式的文献管理软件，提供了简易操作的界面来编辑BibTeX档案。 功能包含从网络上的科学数据库汇入资料，以及整理和搜寻BibTeX档案等。
JabRef的发布遵循GNU通用公共授权条款。软件则是用Java作编程，可以使用于各种操作系统，如Windows、Linux、Mac OS X。
JabRef最初的版本发布于2003年11月29日。其名称JabRef代表着Java、Alver、Batada、Reference。其中Alver 和Batada分别为Morten O. Alver 和 Nizar Batada，两位最初的开发者。
JabRef 相关资源
JabRef官网
http://jabref.sourceforge.net/
JabRef最新稳定版下载
http://sourceforge.net/projects/jabref/files/jabref/2.10/
医学文献王
医学文献王是医脉通出品的一个文献管理软件。说起医脉通可能知道的人不是很多，但是要是说起《新编全医药大词典》那在几年前在医学科研人员和学生中那可真是无人不知，无人不晓啊。
医学文献王就是医脉通，不过以前叫金叶天盛。医学文献分为标准版和专业版两个版本，标准版具有软件的核心功能，只要是医脉通用户均可免费使用。专业版授权软件的全部功能，标准版输入激活码后即可激活为专业版，专业版 280 元。
医学文献王相关资源
医学文献王官网
http://refer.medlive.cn/
标准版和专业版功能比较http://refer.medlive.cn/templates/major.tpl.php